Metagenomic insights into the effects of ex situ conservation on gut microbial composition and function in blue sheep
Abstract
肠道微生物在宿主食物能量转化、环境适应和免疫稳态维持中发挥重要作用。为评估迁地保护对野生动物肠道微生物的影响，本研究采用非损伤采样法采集40份岩羊新鲜粪便样本，开展宏基因组测序，系统比较冷暖季野生与圈养岩羊肠道微生物的组成、功能及潜在风险因子特征。结果表明，岩羊肠道微生物以细菌为绝对优势类群，形成以厚壁菌门和拟杆菌门为核心的群落结构。细菌群落同时受季节和生存环境显著影响，而病毒群落及功能结构主要受生存环境驱动。野外岩羊肠道微生物表现出更强的季节可塑性，暖季富集短链脂肪酸相关菌群及糖苷水解酶，冷季则强化中央碳代谢和复杂植物多糖降解相关功能；同时，暖季野外组中病毒家族与细菌群落结构之间表现出更强的跨界耦合关系。相比之下，圈养环境显著削弱了肠道微生物的季节性波动，并使功能谱整体向氮源利用和基础合成代谢方向偏移。风险因子分析显示，圈养岩羊更易累积获得性耐药基因及代谢适应相关毒力模块，面临潜在的健康风险。值得注意的是，暖季野外组poxtA的相对富集提示家畜—环境—野生岩羊之间可能存在耐药基因共享传播界面。综上，迁地保护从群落组成、功能潜力、风险因子谱及病毒—细菌关联等多个层面重塑了岩羊肠道微生态系统，在迁地保护实践中应重视肠道微生态“原真性”的维持，并加强对关键耐药基因及潜在风险因子的长期动态监测。
Fields of Study & Subjects
Aquaculture disease management and microbiota
Gut microbiota and health
Aquaculture Nutrition and Growth
Publication details
- Journal / source
- Chinese Science Bulletin (Chinese Version)
- Publisher
- Science China Press., Co. Ltd.
- Volume
- 71
- Issue
- 28-29
- Pages
- 6833-6847
- Publication date
- 1 June 2026
- Language
- EN