Immunhistologische Expression relevanter Proteine und deren Korrelation mit dem Überleben im high-grade serösen Ovarialkarzinom

Einleitung Bei Patientinnen mit high-grade serösen Ovarialkarzinomen (HGSOC) ist das Rezidiv ein häufiger und prognostisch negativer Faktor, dessen Mechanismen nur unzureichend verstanden sind. Ziel dieser Studie war es daher, die biologischen Unterschiede basierend auf RNA- und Proteinanalysen zwischen primären und rezidivierten HGSOCs zu analysieren und anschließend in einem aufwendigen mehrschrittigen Selektionsprozess mögliche Protein-Biomarkern zu identifizieren. Methoden Gepaarte Proben von 19 Primär- und Rezidivtumoren von HGSOC- Patientinnen wurden mittels NGS-basierter gezielter RNA-Sequenzierung analysiert. Anschließend folgte ein mehrstufiger Selektionsprozess, in dem die Zuordnung differenziell exprimierter Gene (DEG) dieser zwei Gruppen und eine in-silico Kaplan- Meier-Plotter-Analyse anhand eines öffentlich zugänglichen Datensatzes erfolgte. Interessante Biomarker, die mit diesem Verfahren gefunden wurden, wurden dann auf der Proteinebene durch Immunhistochemie (IHC) validiert, wobei gepaarte Proben von 44 Patientinnen und Primärtumorproben von 504 HGSOC-Patientinnen verwendet wurden. Eine digitale pathologische Bildanalyse wurde teilautomatisiert mithilfe des Programms QuPath durchgeführt. Die Proteinexpressionsniveaus wurden sowohl im Tumorkompartiment als auch in der Mikroumgebung des Tumors bewertet. Ergebnisse Auf der Grundlage der RNA-Sequenzierung ergab die DEG-Analyse 233 DEG (adj.p ≤0,05, log2FC>0,8). Siebenunddreißig dieser Gene erwiesen sich als Prädiktoren für das PFS (p