Der Einsatz der Oxford-Nanopore-Sequenzierungstechnologie zum molekulargenetischen Tumorprofiling beim Multiplen Myelom

Hintergrund: Das Multiple Myelom (MM) ist ein Malignom mit ausgeprägter genetischer Heterogenität. Genetische Veränderungen spielen bei der Risikostratifikation des MM eine besondere Rolle. Die genetische Diagnostik beim MM basiert vorrangig auf der Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH), die verschiedene Limitationen aufweist. Die vollständige Genomsequenzierung (WGS) mit der Oxford-Nanopore-Technologie (ONT) bietet viele Vorteile. Das Ziel der Arbeit ist es, den Einsatz des niedrigschwelligen WGS (lcWGS) mit ONT zur Identifikation von Kopienzahlaberrationen (CNA) beim MM zu evaluieren. Weiterhin sollen auf Basis der lcWGS-Daten rekurrente genetische Aberrationen, Interaktionsmuster der genetischen Veränderungen sowie die Existenz genetischer Cluster beim MM untersucht werden. Methodik: Insgesamt wurden 194 MM-Patient:innen zur Analyse eingeschlossen. ONT-basiertes lcWGS der Tumor-DNA aus den Knochenmarksproben wurde durchgeführt. Für die bioinformatische Analyse wurden die Programme „nglmr“, „samtools“ und „ACE“ genutzt. Die CNA-Daten des lcWGS wurden mit den FISH-Ergebnissen verglichen und die sondenspezifische Konkordanz bestimmt. Die Sensitivität und Spezifität des lcWGS hinsichtlich myelomtypischer CNA wurden ermittelt. Unterschiede wurden mit dem McNemar-Test evaluiert. Rekurrente CNA wurden identifiziert und mit dem exakten Fisher Test wurden die genetischen Aberrationen hinsichtlich signifikanter Interaktionsmuster untersucht. Die Clusteranalyse basierte auf hierarchischem agglomerativen Clustering und Nichtnegativer Matrixfaktorisierung. Alle statistischen Analysen erfolgten mit R (Signifikanzniveau p