Primer design of DNA suckermouth catfish (Pterygoplichthys sp.) and their aplication in pempek using real Time PCR (RT – PCR)

Pempek merupakan salah satu jenis makanan khas dari Sumatra Selatan yang umumnya menggunakan bahan baku ikan tenggiri. Ikan sapu-sapu juga bisa dijadikan bahan baku pembuatan pempek namun beberapa penelitian melaporkan bahwa ikan sapu-sapu yang diambil dari Sungai Ciliwung telah tercemar logam berat dan mikroplastik. Adanya kandungan logam berat dan mikroplastik pada ikan sapu-sapu menjadikan ikan ini berbahaya untuk dijadikan bahan baku pembuatan makanan khususnya pempek. Tujuan penelitian ini, yaitu mendesain primer DNA ikan sapu-sapu serta menganalisis keberadaan kandungan DNA ikan sapu-sapu pada pempek menggunakan RT-PCR dengan penanda berupa dye (EvaGreen). Analisis DNA ikan sapu-sapu menggunakan primer spesifik dan diamplifikasi menggunakan RT-PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer yang digunakan spesifik hanya untuk ikan sapu-sapu saja bila dibandingkan dengan sampel 9 DNA ikan yang lain. Konsentrasi DNA ikan sapu-sapu sebesar 0,00064 ng/µL masih menunjukkan adanya amplifikasi dengan nilai Cq sebesar 38,98. Pada perbandingan antara bahan baku pembuatan pempek dengan daging ikan sapu-sapu (b/b) sebesar 20:1 masih menunjukkan adanya kurva amplifikasi dengan nilai Cq sebesar 23,55. Sebanyak 16 sampel pempek yang digunakan tidak mengandung DNA ikan sapu-sapu karena tidak menunjukkan adanya kurva amplifikasi pada alat RT-PCR.