Подбор праймеров и зондов для выявления РНК вирусов гриппа А и SARS-CoV-2 методом ОТ-ПЦР в реальном времени

Для тестирования и диагностики обычных и новых вирусов в клинических вирусологических лабораториях требуется экономичный, точный и быстрый анализ. Нами подобраны и сконструированы олигонуклеотиды для выявления вируса гриппа типа А и коронавируса SARS-CoV-2 с применением ОТ-ПЦР-анализа. Создание отечественных тест-систем для диагностики вируса гриппа А и SARS-CoV-2 является острой задачей и обусловлено необходимостью ранней диагностики заболеваний. Целью данного исследования является подбор праймеров и зондов для диагностики гриппа А и SARS-CoV-2 методом ОТ-ПЦР в реальном времени (ОТ-ПЦР РВ). В работе представлены результаты конструирования праймеров и зондов для постановки ОТ-ПЦР РВ для идентификации РНК вирусов гриппа А и SARS-CoV-2. В наших исследованиях по подбору специфических праймеров и зондов в качестве гена мишени для обнаружения вируса гриппа А был выбран М-ген, вируса SARS-CoV-2 — RdRp. Были подобраны и синтезированы пары олигонуклеотидных праймеров для гриппа А: InfM2 F и InfM2 R, а также зонд InfM2 Probe, а для SARS-CoV-2 — RdRp-1 F и RdRp-2 R, зонд RdRp-2 Probe, которые при постановке ОТ-ПЦР РВ с рабочей концентрацией 20 пмоль показали высокую эффективность при выявлении вируса гриппа А и SARS-CoV-2. Подбор праймеров проведен с использованием компьютерных программ PrimerBlast и VectorNTI. Конструированные праймеры и зонды в дальнейшем будут использованы при создании отечественной мультиплексной ОТ-ПЦР РВ тест-системы.