ỨNG DỤNG TIN SINH HỌC TRONG XÁC ĐỊNH CÁC TRÌNH TỰ GEN ĐẶC HIỆU CHO PHÁT HIỆN SALMONELLA BẰNG KỸ THUẬT REAL-TIME PCR

Salmonella spp. là một trong những tác nhân hàng đầu gây bệnh qua thực phẩm trên toàn thế giới, cho thấy nhu cầu cấp thiết phát hiện nhanh và chính xác tác nhân này. Trong nghiên cứu này, các công cụ tin sinh học đã được sử dụng để xác định vùng trình tự gen đặc hiệu và bảo thủ cao, nhằm phát hiện chính xác Salmonella bằng kỹ thuật real-time PCR. Trình tự gen của Salmonella spp. được thu thập từ cơ sở dữ liệu NCBI và phân tích bằng phần mềm Geneious, công cụ BLAST, căn chỉnh đa trình tự (MSA) và các công cụ khác. Kết quả phân tích cho thấy một vùng 206 bp (từ 520 - 725) thuộc gen invA có tính bảo thủ cao, độ bao phủ tuýp huyết thanh rộng nhất và chỉ xuất hiện đặc hiệu trong các chủng Salmonella, và không hiện diện ở các vi khuẩn đường ruột khác, khẳng định tính đặc hiệu của mục tiêu. Các cặp mồi và probe được thiết kế từ trình tự này thể hiện độ đặc hiệu cao và tín hiệu rõ ràng trong phản ứng qPCR. Những phát hiện trên cho thấy hiệu quả của việc ứng dụng tin sinh học trong việc xác định các đích gen đặc hiệu, đồng thời cung cấp cơ sở khoa học cho việc phát triển bộ kit qPCR nhanh nhằm phát hiện Salmonella trong mẫu thực phẩm và môi trường.