Simulaciones de betalactoglobulina-AMBER

Simulaciones de β-lactoglobulina Este repositorio contiene los recursos computacionales de apoyo para el Manual de Prácticas de Simulación de Dinámica Molecular Aplicado a Proteínas de la Universidad Autónoma Metropolitana (UAM) Unidad Iztapalapa. Requisitos Necesitas tener instalado Miniconda. En el repositorio se incluye el archivo mdanalysis.yml con el ambiente conda y dependencias fijadas. Para recrearlo: mamba env create -f mdanalysis.yml mamba activate mdanalysis Datasets Incluye simulaciones de: Atomístico AMBER Atomístico GROMACS (CHARMM36) CG Martini3 (modelos elnedyn, GoMartini3, OLIVES) Sistemas simulados Sistema Estado Residuos proteicos Ligando Monómero Apo 162 (cadena A) — Monómero Holo 162 (cadena A) SDS Dímero Apo 324 (cadenas A + B) — Dímero Holo 324 (cadenas A + B) 2 × SDS Todos los sistemas fueron preparados a pH 6, con GLU-89 protonado en cada cadena (pKa calculado > 7, consistente con la conformación cerrada del asa E-F, transición de Tanford). La cadena B del dímero fue reconstruida con Modeller para completar los residuos faltantes en los extremos N-terminal (posiciones 1-6) y C-terminal (posición 162). El enlace disulfuro CYS-106/CYS-119 de la cadena B fue reparado manualmente en UCSF Chimera antes de la parametrización. Notebooks de análisis analisis_md.ipynb: flujo principal de análisis de trayectorias para el manual. Sistemas incluidos 1) Atomísticos (8 sistemas) Forma Estado Motor/FF Dímero APO AMBER (ff19SB) Dímero APO GROMACS (CHARMM36) Dímero HOLO AMBER (ff19SB) Dímero HOLO GROMACS (CHARMM36) Monómero APO AMBER (ff19SB) Monómero APO GROMACS (CHARMM36) Monómero HOLO AMBER (ff19SB) Monómero HOLO GROMACS (CHARMM36) 2) CG Martini3 (6 sistemas) Forma Estado Modelo CG Dímero APO elnedyn Dímero APO GoMartini3 Dímero APO OLIVES Monómero APO elnedyn Monómero APO GoMartini3 Monómero APO OLIVES Convención de contenido por plataforma AMBER (atomístico) *_original.parm7: topología completa de tleap *_amber.parm7: topología con HMR (producción) *_dry.parm7: topología sin solvente/iones *_amber.rst7: coordenadas iniciales de producción *_dry.rst7: referencia seca *_dry.nc: trayectoria seca *_water.nc: trayectoria con solvente explícito GROMACS (atomístico y CG) *_gromacs_dry.gro : estructura seca de referencia *_gromacs_dry.xtc : trayectoria seca Lista AMBER blg_dimer_apo_amber.parm7 blg_dimer_apo_amber.rst7 blg_dimer_apo_amber_dry.nc blg_dimer_apo_amber_dry.parm7 blg_dimer_apo_amber_dry.rst7 blg_dimer_apo_amber_original.parm7 blg_dimer_apo_amber_water.nc blg_dimer_holo_amber.parm7 blg_dimer_holo_amber.rst7 blg_dimer_holo_amber_dry.nc blg_dimer_holo_amber_dry.parm7 blg_dimer_holo_amber_dry.rst7 blg_dimer_holo_amber_original.parm7 blg_dimer_holo_amber_water.nc blg_monomer_apo_amber.parm7 blg_monomer_apo_amber.rst7 blg_monomer_apo_amber_dry.nc blg_monomer_apo_amber_dry.parm7 blg_monomer_apo_amber_dry.rst7 blg_monomer_apo_amber_original.parm7 blg_monomer_apo_amber_water.nc blg_monomer_holo_amber.parm7 blg_monomer_holo_amber.rst7 blg_monomer_holo_amber_dry.nc blg_monomer_holo_amber_dry.parm7 blg_monomer_holo_amber_dry.rst7 blg_monomer_holo_amber_original.parm7 blg_monomer_holo_amber_water.nc md_files.tar.xz Lista GROMACS atomístico blg_monomer_apo_gromacs_dry.gro blg_monomer_apo_gromacs_dry.xtc blg_monomer_holo_gromacs_dry.gro blg_monomer_holo_gromacs_dry.xtc blg_dimer_apo_gromacs_dry.gro blg_dimer_apo_gromacs_dry.xtc blg_dimer_holo_gromacs_dry.gro blg_dimer_holo_gromacs_dry.xtc Lista GROMACS grano grueso blg_monomer_apo_CG_elnedyn_dry.gro blg_monomer_apo_CG_elnedyn_dry.xtc blg_monomer_apo_CG_GoMartini3_dry.gro blg_monomer_apo_CG_GoMartini3_dry.xtc blg_monomer_apo_CG_OLIVES_dry.gro blg_monomer_apo_CG_OLIVES_dry.xtc blg_dimer_apo_CG_elnedyn_dry.gro blg_dimer_apo_CG_elnedyn_dry.xtcCita recomendada blg_dimer_apo_CG_GoMartini3_dry.gro blg_dimer_apo_CG_GoMartini3_dry.xtc blg_dimer_apo_CG_OLIVES_dry.gro blg_dimer_apo_CG_OLIVES_dry.xtc Corrección: La versión anterior de SDS.itp se generó con un script auxiliar (rtp2itp.py) que copiaba manualmente las secciones [atoms] y [bonds] de charmm36-jul2022.ff/lipid.rtp. Carecía de las secciones [pairs], [angles] y [dihedrals]. Sin estos términos, y con las exclusiones no enlazadas resultantes del valor de nrexcl empleado, la geometría del ligando no estaba restringida por ningún potencial angular durante la minimización ni la producción. Esto produjo configuraciones geométricamente inválidas: los ángulos de enlace instantáneos, verificados numéricamente a partir de las coordenadas, se ubicaron entre 2.6° y 167.1°, frente al valor ideal sp3 de 109.5°. La topología corregida se generó ejecutando gmx pdb2gmx directamente sobre la geometría de referencia (sds.pdb) con el campo de fuerza CHARMM36, procedimiento estándar que genera automáticamente los términos angulares y diedros a partir de la conectividad de enlaces. Trayectorias afectadas Las trayectorias de minimización, equilibración y producción de ambos sistemas holo de GROMACS que empleaban la topología anterior quedaron invalidadas por esta razón y se excluyen de este depósito hasta que se completen las corridas correspondientes con la topología corregida. En la versión 3 de este repositorio se encuentran depositadas las trayectorias corregidas.