RAPseq enables large-scale identification of RBP-RNA interactions and reveals essentials of post-transcriptional gene regulation

RAPseq ├── RAPseq_manuscript │ ├── LICENSE │ ├── README.md │ ├── code │ │ ├── 00_helper_functions.R │ │ ├── 00_peak_filtering_annotation.Rmd │ │ ├── 00_peak_filtering_annotation.pdf │ │ ├── 01_benchmarking_RAPseq.Rmd │ │ ├── 01_benchmarking_RAPseq.pdf │ │ ├── 02_benchmarking_analysis_RAPSeq.Rmd │ │ ├── 02_benchmarking_analysis_RAPSeq.pdf │ │ ├── 03_combined_analysis_RBP_targets.Rmd │ │ ├── 03_combined_analysis_RBP_targets.pdf │ │ ├── 04_cross_species_HUR.Rmd │ │ ├── 04_cross_species_HUR.pdf │ │ ├── 05_mutants.Rmd │ │ ├── 05_mutants.pdf │ │ ├── 06_coRAPseq_analysis.Rmd │ │ ├── 06_coRAPseq_analysis.pdf │ │ ├── 07_modRAPseqYBX1.Rmd │ │ ├── 07_modRAPseqYBX1.pdf │ │ ├── 07_modRAPseqYTHDF1.Rmd │ │ ├── 07_modRAPseqYTHDF1.pdf │ │ ├── YBX1_liftover.Rmd │ │ └── YBX1_liftover_step.pdf │ ├── data │ │ ├── Benchmarking │ │ ├── INPUTs.TPMs.txt │ │ ├── Librarysize │ │ ├── Metafiles │ │ ├── RBPKD │ │ ├── RBPomes │ │ ├── TCGA │ │ ├── peaks │ │ └── rRNAs_tRNAs.fa │ └── results │ ├── RBP_target_network_edges.txt │ ├── RBP_target_network_nodes.txt │ ├── coRAPSeq_GO_Terms.csv │ └── inputLibrarySize.pdf └── RAPseq_workflow ├── LICENSE ├── README.md ├── analyses │ ├── aligned_uniq_dedup │ ├── fastqc_raw │ ├── fastqc_trimmed │ ├── peaks │ ├── peaks_consensus │ ├── peaks_consensus_mean_summits │ ├── peaks_consensus_summits_scored │ ├── peaks_consensus_summits_scored_w_seqs │ ├── peaks_consensus_summits_stranded_counts │ ├── peaks_fixed │ ├── scaled_bedgraph │ ├── subtracted_halo_input │ └── subtracted_input_pvalues ├── data │ ├── fastq_raw │ ├── fastq_trimmed │ ├── fastq_trimmed_umied │ ├── fastq_trimmed_umied_filt │ ├── rRNA_tRNA_ref │ └── scales ├── outputs ├── pics │ └── RAPseq_workflow.png ├── scripts │ └── get_mean_summits.R └── snakemake ├── slurm └── snakefile