Data Curation and Duplicate Removal Procedure

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Authors: Osvaldo Delgado González, Juan A. Castillo‐Garit, Julio Alberto Rojas Vargas
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Abstract

Summary of steps: Load SMILES: Use Chem.MolFromSmiles(). Exclude invalid SMILES: Verify if the conversion was successful. Normalize structures: Add hydrogens, optimize 3D. Sanitize molecules: Use Chem.SanitizeMol() to ensure validity. Remove duplicates: Use Chem.MolToInchi() and a set to remove duplicates. Report: Write a report of the processed data. Save results: Write the sanitized molecules to a file. Resumen de pasos: Cargar SMILES: Usar Chem.MolFromSmiles(). Excluir SMILES inválidos: Verificar si la conversión fue exitosa. Normalizar estructuras: Añadir hidrógenos, optimizar 3D. Depurar moléculas: Usar Chem.SanitizeMol() para garantizar validez. Eliminar duplicados: Usar Chem.MolToInchi() y un set para eliminar duplicados. Informe: Escribir un informe de los datos procesados Guardar resultados: Escribir las moléculas limpiadas a un archivo.

Fields of Study & Subjects

Computational Drug Discovery Methods Data Quality and Management Machine Learning in Materials Science

Publication details

Journal / source
Zenodo (CERN European Organization for Nuclear Research)
Publication date
28 February 2026
Language
EN
Document type
Book