Analysis of the applicability of COI, mtCR, and Pax-C sequences in the identification of six Acropora corals
Abstract
鹿角珊瑚（Acropora）是南海珊瑚礁区的关键珊瑚类群，它们不仅为珊瑚礁提供了结构支撑，还为许多海洋生物提供了栖息地。鹿角珊瑚种类繁多，且同属珊瑚形态相近，因此利用DNA条形码对鹿角珊瑚进行准确的物种鉴定具有重要价值。本研究旨在评估细胞色素氧化酶亚基I基因（COI）、线粒体控制区（mtCR）、核Pax-C内含子（Pax-C）对南海珊瑚礁区常见且形态高度相似的6种鹿角珊瑚种类鉴定的适用性。研究结果显示，三种序列均表现出明显的A+T偏倚性，Pax-C序列突变速率最高，变异率达27.3％，mtCR序列次之，COI基因最低。DNA条形码间隙分析结果显示，COI基因未能显现条形码间隙；mtCR序列的种内遗传距离和种间遗传距离存在部分重叠，但仍显示出一定的条形码间隙；Pax-C序列和mtCR+Pax-C联合序列表现出明显的DNA条形码间隙。基于COI基因构建的系统进化树显示，除美丽鹿角珊瑚（A. muricata）外，其余5种鹿角珊瑚混杂在一支；基于mtCR序列和Pax-C序列构建的系统进化树显示，除风信子鹿角珊瑚（A. hyacinthus）聚到了不同分支，其余鹿角珊瑚均各自单独聚为一支；基于mtCR+Pax-C联合序列构建的系统发育树，每个物种都形成单系分支。本研究证实了mtCR+Pax-C联合序列作为高效DNA条形码在六种鹿角珊瑚易混淆物种鉴定中的应用价值，为珊瑚礁生态系统的保护与管理提供了科学依据。
Fields of Study & Subjects
Coral and Marine Ecosystems Studies
Invertebrate Taxonomy and Ecology
Environmental DNA in Biodiversity Studies
Publication details
- Journal / source
- Natural Science of Hainan University
- Volume
- 45
- Pages
- 1–1
- Publication date
- 1 January 2026
- Language
- ZH