Physicochemical, metagenomic, and culturomic analysis of feces and slurry from dairy cattle in Cantabria: comparison between intensive, conventional, and organic systems

Este estudio analiza de forma integral los efluentes (heces y purín) de vacuno lechero en Cantabria en tres sistemas productivos, abordando su composición fisicoquímica, microbioma, resistoma mediante metagenómica y la presencia de Enterobacteriaceae productoras de ESBL. Las diferencias de manejo influyeron notablemente en los parámetros fisicoquímicos, especialmente en pH, TDS, Mg²⁺, Zn²⁺ y nitrógeno amoniacal. El microbioma mostró variaciones según sistema: el intensivo favoreció Methanobrevibacter y Bacteroides, el ecológico Alistipes y el convencional presentó mayor diversidad. Los antibióticos más utilizados fueron los betalactámicos y se detectaron ARGs frecuentes como cfxA, lnu, mph, aac(6’)-E111 y blaOXA-58. Se aislaron 66 E. coli ESBL-PE, predominando ST10, asociado a múltiples genes de resistencia y virulencia. En conjunto, los resultados destacan la necesidad de medidas de manejo que optimicen el reciclaje de nutrientes y reduzcan la transmisión de resistencia antimicrobiana.