Analysis of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Variation Falcataria falcata Parent Trees Tolerant and Susceptible to Rust Disease

Kendala yang sering dihadapi selama beberapa tahun terakhir dalam pengembangan sengon, yaitu penyakit karat puru oleh jamur (Uromycladium falcatariae). Penelitian ini bertujuan melakukan analisis parameter pertumbuhan Falcataria falcata di Kabupaten Semarang, Jawa Tengah dan menganalisis asosiasi, serta melakukan validasi lokus polimorfisme nukleotida tunggal (SNPs) dalam membedakan genotipe Falcataria falcata yang resisten dan rentan terhadap penyakit karat puru (U. falcatariae). Uji Mann-Whitney dilakukan untuk menganalisis keparahan serangan penyakit, lalu data SNP diuji menggunakan rumus Chi-Square dan hasilnya disajikan dengan Manhattan Plot. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat keragaman genetik yang besar antara populasi sengon toleran dan rentan Hal ini ditunjukkan oleh nilai rata-rata keparahan serangan pada kelompok aksesi sengon rentan lebih besar dari kelompok aksesi sengon toleran (82,85% dan 22,85%). Analisis molekuler berbasis marka Single Nucleotide Polymorphism (SNP) dengan metode High Resolution Melting (HRM) telah berhasil mengidentifikasi perbedaan pola genetik antara aksesi sengon toleran dan rentan. Hasil identifikasi variasi alel menunjukkan bahwa penggunaan primer IAA_1, IAA_2, NUOR_1, NUOR_3, dan WRKY_40 memiliki korelasi signifikan terhadap sifat toleransi tanaman.