Tetracycline Resistance Profile and Genomic Characteristics of Pseudomonas sp. Isolates from Agricultural Irrigation Water

Pseudomonas sp. merupakan salah satu bakteri yang dapat ditemukan di air. Air irigasi pertanian menjadi salah satu sumber kontaminan mikroorganisme yang berpeluang memiliki sifat resistansi antibiotik, salah satunya adalah tetrasiklin. Paparan tetrasiklin yang berlebihan dapat menyebabkan bakteri menjadi resistan. Deteksi keberadaan mikroorganisme serta gen-gen terkait penting dilakukan untuk menduga potensi, salah satu caranya dengan analisis Whole Genome Sequencing (WGS). Penelitian ini bertujuan untuk melihat profil resistansi tetrasiklin isolat bakteri asal air irigasi pertanian dan mengarakterisasi genomik dari isolat Pseudomonas sp. Penelitian ini terdiri dari dua bagian, yaitu bagian 1 uji resistansi isolat bakteri (n=19) terhadap tetrasiklin menggunakan metode disc diffusion test (Kirby-Bauer), dan uji konfirmasi isolat bakteri tersebut menggunakan real-time PCR. Bagian kedua yaitu karakterisasi genomik dengan Whole Genome Sequencing (WGS) menggunakan GeneMind, GenoLab M, dan analisis data sekuens menggunakan tools bioinformatika yaitu Galaxy, Proksee, TYGS, RAST, CARD dan BAGEL4. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebanyak 4 dari 19 isolat (21,05%) resistan tetrasiklin, 1 dari 19 isolat (5,26%) intermediet dan 14 dari 19 isolat sensitif (73,68%) tetrasiklin. Semua isolat tidak memiliki gen invA yang berarti bukan kelompok patogen enterik Salmonella. Hasil bagian 2 menunjukkan bahwa isolat H.1.2 teridentifikasi sebagai Pseudomonas peradeniyensis berdasarkan %ANI, dDDH, pohon filogenetik dan %GC. Isolat H.1.2 memiliki 45 gen yang berasosiasi dengan virulensi dan 4 gen stres berdasarkan ABRicate dan AMRFinderPlus. Isolat tersebut memiliki gen mexE (abriTAMR), dan yajC (CARD) dengan mekanisme adaptasi yang umum, serta tidak menunjukkan resistansi antibiotik. Isolat H.1.2 memiliki gen bacteriocin-like yaitu gen colicin dan pyocin berdasarkan BAGEL4. Selain itu, tidak ada plasmid yang terdeteksi pada isolat H.1.2 berdasarkan PlasmidFinder.